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Les caractéristiques structurales et les interactions intra et/ou intermoléculaires non-covalentes jouent un rôle primordial dans l'activité des molécules d'intéręt biologique, notamment lors de la reconnaissance moléculaire entre un médicament et son récepteur. Il est donc intéressant de décrire les structures intrinsčques de peptides, d'oligonucléotides ou de complexes d'intéręt pharmaceutiques en phase gazeuse. Pour cela, nous prenons appui sur deux techniques expérimentales complémentaires, la spectroscopie IRMPD et la spectrométrie de mobilité ionique, dont les résultats sont comparés avec des simulations. Dans ce travail de thčse, j'ai d'abord testé les prédictions d'une méthode QM/MM en ce qui concerne le calcul des spectres IR d'espčces d'intéręt biologique isolées. J'ai ensuite utilisé cette méthode pour simuler les spectres IR de brins de la protéine amyloďde ß en phase gazeuse. Je me suis également intéressé aux changements de structure induits par la complexation d'un antibiotique, la vancomycine, avec un modčle de son récepteur.