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Für die Erzeugung von hochgradig geordneten Strukturen im Kontext der Nanotechnologie bedarf es einer hohen Reproduzierbarkeit und somit eines tiefergehenden Verständnisses von molekularen Wechselwirkungen für die industrielle Anwendung. Diese Arbeit untersucht mit Hilfe von ab initio Methoden die selbstorganisierten Strukturbildungen auf metallischen Substraten. Hierbei bestimmt das diffizile Zusammenspiel von inter- und intramolekularen Wechselwirkungen - direkt, indirekt und elektrostatisch - die finale Anordnung der Moleküle. Des Weiteren steht der Einfluss des Substrats auf das angesprochene Zusammenspiel im Fokus der Untersuchung. So konnte beispielsweise der enantioselektive Effekt der DNS-Basis Adenin und der Aminosäure Phenylglyzin auf einen Substrat-Adsorbat- Ladungstransfer zurückgeführt werden. Die Gesamtheit der vorgestellten Modellsysteme gibt letztlich Aufschluss über die Einflussparameter für die Erzeugung von molekularen Nano- Strukturen.